冬日暖陽，落葉鋪金。時(shí)間來達(dá)到了2024年的尾聲，拜譜生物在多組學(xué)研究領(lǐng)域取得了顯著成就，其中蛋白組學(xué)、修飾組學(xué)、代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等產(chǎn)品助力多篇高分文章發(fā)表在國際知名期刊，如Nature、Signal Transduction and Targeted Therapy、Molecular Cancer、Neuron、Advanced Science、Nature Communication等，涵蓋了醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)等多個(gè)學(xué)科方向。本文小編精選部分多篇組學(xué)研究案例展示，助力廣大科研工作者一點(diǎn)啟發(fā)。

文章導(dǎo)讀

醫(yī)學(xué)篇

1.Nature｜A brain-to-gut signal controls intestinal fat absorption.(LC-MS/MS)

2.STTT｜Genetically programmable cell membrane-camouflaged nanoparticles for targeted combination therapy of colorectal cancer(能量代謝)

3.Mol Cancer｜A positive feedback loop between PFKP and c-Myc drives head and neck squamous cell carcinoma progression（蛋白互作組)

4.ACS NANO｜Exosome Heterogeneity Affects the Distal “Barrier-Crossing” Trafficking of Exosome Encapsulated Quantum Dots（4D label free蛋白組）

5.Neuron｜Meningeal neutrophil immune signaling influences behavioral adaptation following threat（RNA-seq）

6.Adv Sci｜ Reconstructing the Stem Leydig Cell Niche via the Testicular Extracellular Matrix for the Treatment of Testicular Leydig Cell Dysfunction（乙?；鞍仔揎椊M學(xué)&非靶代謝）

7.Microbiome｜ Gut microbiota dysbiosis in hyperuricaemia promotes renal injury through the activation of NLRP3 inflammasome（醫(yī)學(xué)全靶代謝MT1000）

8.Redox Biol｜Branched-chain amino acids alleviate NAFLD via inhibiting de novo lipogenesis and activating fatty acid β-oxidation in laying hens（蛋白組學(xué)&泛素化蛋白修飾組學(xué)）

9. Cell. Mol. Life Sci｜SIRT1 maintains bone homeostasis by regulating osteoblast glycolysis through GOT1（乙?；鞍仔揎椊M學(xué)&能量代謝）

農(nóng)學(xué)篇

10.Adv Sci｜VIK-mediated Auxin Signaling Regulates Lateral Root Development in Arabidopsis（磷酸化蛋白修飾組學(xué)）

11.PNAS｜SlCPK27 cross-links SlHY5 and SlPIF4 in brassinosteroid-dependent photo- and thermo-morphogenesis in tomato（RNA-seq）

12.Bioresour Technol｜Enhanced biomass production and harvesting efficiency of Chlamydomonas reinhardtii under high-ammonium conditions by powdered oyster shell（非靶代謝）

13.Antioxidants (Basel)｜Metabolomics Combined with Physiology and Transcriptomics Reveal the Response of Samsoniella hepiali to Key Metabolic Pathways and Its Degradation Mechanism during Subculture（RNA-seq&非靶代謝）

14.J. Agric. Food Chem｜A novel dry-cured ham broth-derived peptide JHBp2 effectively inhibits Salmonella typhimurium in vitro : Integrated metabolomic, proteomic and molecular simulation analyses（非靶代謝&蛋白組學(xué)）

醫(yī)學(xué)領(lǐng)域亮點(diǎn)

案例1

腦到腸道的信號控制腸道脂肪的吸收

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：中藥活性成分/天然化合物；代謝重編程；）

期刊：Nature (IF: 50.5;Q1) 2024 Sep

【拜譜生物提供技術(shù)：蛋白組學(xué)·LC-MS/MS（小鼠腦干組織樣本）】

文章簡介：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院王衛(wèi)慶教授團(tuán)隊(duì)，在“Nature”上發(fā)表了題為“A brain-to-gut signal controls intestinal fat absorption”的文章。文中作者為了深入揭示大腦迷走神經(jīng)背側(cè)核（DMV）神經(jīng)元如何抑制腸道脂肪吸收的分子機(jī)制，研究團(tuán)隊(duì)采用了以天然化合物葛根素為誘餌的活性蛋白質(zhì)組學(xué)策略。通過精心設(shè)計(jì)的光反應(yīng)性標(biāo)簽，合成了葛根素特異性探針，并利用這些探針通過光親和化學(xué)反應(yīng)成功富集和可視化潛在的靶蛋白。經(jīng)過光親和反應(yīng)后，利用液相色譜和串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS /MS)技術(shù)對這些靶蛋白進(jìn)行了精確鑒定，并從中篩選出GABAA受體α1亞基（GABRA1）作為葛根素的關(guān)鍵作用靶標(biāo)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證葛根素與GABRA1蛋白之間的相互作用，進(jìn)行了WB實(shí)驗(yàn)，并成功確認(rèn)了兩者之間的聯(lián)系。此外，利用冷凍電鏡(cryo-EM)技術(shù)解析了GABAA受體與葛根素的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，并明確了葛根素結(jié)合的具體位置和作用方式。這些發(fā)現(xiàn)表明，葛根素作為一種天然化合物，通過靶向GABAA受體α1亞基，能夠抑制DMV神經(jīng)元活性，進(jìn)而減少腸道脂肪的吸收，為葛根素在肥胖和代謝性疾病治療中的應(yīng)用提供了科學(xué)依據(jù)。

Doi: 10.1038/s41586-024-07929-5B1

拜譜導(dǎo)讀鏈接：Nature & Science：蛋白質(zhì)組學(xué)助力中藥登頂之路

案例2

基因可編程細(xì)胞膜偽裝納米顆粒用于大腸癌靶向聯(lián)合治療

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：代謝重編程；基因編程；免疫調(diào)控；巨噬細(xì)胞；）

期刊：STTT (IF: 40.8; Q1) 2024 Jun

【拜譜生物提供技術(shù)：代謝組學(xué)·能量代謝（小鼠皮下組織&貼壁培養(yǎng)細(xì)胞）】

文章簡介：四川大學(xué)附屬華西醫(yī)院錢志勇教授團(tuán)隊(duì)，在“Signal Transduction and Targeted Therapy”上發(fā)表了題為“Genetically programmable cell membrane-camouflaged nanoparticles for targeted combination therapy of colorectal cancer”的文章。文中作者介紹MPB-3BP@CM NPs細(xì)胞膜仿生納米藥物平臺，含有微孔普魯士藍(lán)納米顆粒（MPB NPs），作為3-溴丙酮酸（3BP）的光熱敏劑和載體，將這些納米顆粒包裹在一個(gè)基因可編程的細(xì)胞膜中，可延長在血液中循環(huán)時(shí)間，特異性識別和靶向癌細(xì)胞。體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)表明，其能夠增強(qiáng)巨噬細(xì)胞對CRC細(xì)胞的吞噬作用的免疫調(diào)節(jié)。通過能量代謝絕對定量方法檢測到腫瘤細(xì)胞糖酵解過程的代謝抑制，并且可以通過光熱療法（PTT）進(jìn)一步提高治療效果。

Doi:10.1038/s41392-024-01859-4B1

拜譜導(dǎo)讀鏈接：STTT（IF=39.3）|四川大學(xué)錢志勇團(tuán)隊(duì)發(fā)明新型納米顆粒用于結(jié)直腸癌的靶向聯(lián)合治療

案例3

PFKP 和 c-Myc 之間的正反饋回路驅(qū)動(dòng)頭頸部鱗狀細(xì)胞癌進(jìn)展

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：代謝重編程；腫瘤微環(huán)境；血管生成；）

期刊：Mol Cancer((IF: 27.7; Q1) 2024 Jul

【拜譜生物提供技術(shù)：蛋白組學(xué)·蛋白互作組（細(xì)胞)】

文章簡介：安徽醫(yī)科大學(xué)及其附屬第一醫(yī)院劉業(yè)海、查曉軍教授團(tuán)隊(duì)，在“Molecular Cancer”上發(fā)表了題為“A positive feedback loop between PFKP and c-Myc drives head and neck squamous cell carcinoma progression”的文章。文中作者聚焦于頭頸部鱗狀細(xì)胞癌（HNSCC），研究表明磷酸果糖激酶-血小板（PFKP）增加了ERK介導(dǎo)的c-Myc的穩(wěn)定性，而c-Myc在轉(zhuǎn)錄水平上刺激PFKP的表達(dá)，PFKP的升高促進(jìn)了HNSCC細(xì)胞的增殖、血管生成和轉(zhuǎn)移，通過蛋白互作組檢測、IF測定、CoIP 測定證明PFKP可能在HNSCC的進(jìn)展過程中與ERK2相互作用，這些過程是癌癥進(jìn)展的關(guān)鍵步驟。這項(xiàng)研究揭示了PFKP/c-Myc正反饋回路在HNSCC進(jìn)展中的關(guān)鍵作用，聯(lián)合靶向PFKP和c-Myc在HNSCC中將觸發(fā)協(xié)同抗腫瘤效應(yīng)。

Doi:10.1186/s12943-024-02051-6B1

拜譜導(dǎo)讀鏈接：項(xiàng)目文章（Molecular Cancer IF=27.7）｜PFKP和c-Myc之間的正反饋通路促進(jìn)頭頸部鱗狀細(xì)胞癌的進(jìn)展

案例4

外泌體異質(zhì)性影響外泌體包裹量子點(diǎn)的遠(yuǎn)端 "越障 "遷移

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：外泌體（細(xì)胞外囊泡）；血腦屏障；巨噬細(xì)胞；免疫調(diào)控；）

期刊：ACS Nano (IF: 15.88; Q1). 2024 Mar

【拜譜生物提供技術(shù)：蛋白組學(xué)·4D label free蛋白組（外泌體樣品）】

文章簡介：遵義醫(yī)科大學(xué)宋楊教授團(tuán)隊(duì)，在“ACS NANO”上發(fā)表題為“Exosome Heterogeneity Affects the Distal “Barrier-Crossing” Trafficking of Exosome Encapsulated Quantum Dots”文章。文中作者使用ZnCdSe@ZnS量子點(diǎn) (QDs)作為納米顆粒NPs的代表，外泌體在細(xì)胞間通訊和生物屏障運(yùn)輸中關(guān)鍵作用，協(xié)助納米顆?？缭竭h(yuǎn)端屏障，如血腦屏障而進(jìn)入小鼠大腦。通過4D label free蛋白組檢測不同來源外泌體蛋白組成和功能異質(zhì)性，來源于腫瘤細(xì)胞的外泌體與來源于巨噬細(xì)胞的外泌體比較而言，更能有效促進(jìn)量子點(diǎn)的遠(yuǎn)端運(yùn)輸。這項(xiàng)研究表明了外泌體作為外源性NPs跨遠(yuǎn)端屏障轉(zhuǎn)運(yùn)的載體的可能性，并為NPs的生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用和風(fēng)險(xiǎn)評估提供了新的信息。

Doi: 10.1021/acsnano.3c0937

案例5

腦膜中性粒細(xì)胞免疫信號影響威脅后的行為適應(yīng)

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：神經(jīng)免疫學(xué)；中性粒細(xì)胞；社會(huì)行為；）

期刊：Neuron (IF: 17.17; Q1).2024 Nov

【拜譜生物提供技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)·RNA-seq（小鼠腦組織樣品）】

文章簡介：重慶醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院董志芳團(tuán)隊(duì)聯(lián)合重慶醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院任春光團(tuán)隊(duì)在“Neuron”期刊上發(fā)表了題為“Meningeal neutrophil immune signaling influences behavioral adaptation following threat”的研究論文，文中作者首先將雄性和雌性小鼠分別暴露于喚起強(qiáng)烈負(fù)面情緒的社會(huì)情境（同種小鼠）或非社會(huì)情境（玩具、聲音）中。利用基因敲除小鼠、RNA-seq測序、神經(jīng)免疫互作研究方法（抗體/細(xì)胞因子治療、骨髓嵌合、顱骨移植），同時(shí)結(jié)合經(jīng)典神經(jīng)生物學(xué)等技術(shù)（全細(xì)胞膜片鉗電生理記錄、在體鈣信號記錄、化學(xué)遺傳學(xué)）揭示了中性粒細(xì)胞在神經(jīng)系統(tǒng)中的擴(kuò)展功能。中性粒細(xì)胞可介導(dǎo)定位于腦膜-大腦界面的神經(jīng)免疫回路，從而負(fù)責(zé)感知社會(huì)威脅并整合機(jī)體內(nèi)部狀態(tài)。通過組織腦膜內(nèi)的免疫信號級聯(lián)和細(xì)胞因子釋放，以“無線”的方式聯(lián)結(jié)皮層神經(jīng)元并負(fù)向調(diào)節(jié)神經(jīng)反應(yīng)和防御行為。這項(xiàng)研究揭示了腦膜中性粒細(xì)胞信號在此類疾病中的重要功能以及如何參與神經(jīng)調(diào)節(jié)機(jī)制。

Doi：10.1016/j.2024.10.018

案例6

睪丸脫細(xì)胞外基質(zhì)水凝膠聯(lián)合睪丸間質(zhì)干細(xì)胞治療睪酮缺乏綜合癥

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：細(xì)胞外基質(zhì)；干細(xì)胞治療；免疫微環(huán)境；）

期刊：Adv Sci (IF: 15.66; Q1).2024 Sep

【拜譜生物提供技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)·RNA-seq&蛋白組·LC-MS/MS（小鼠細(xì)胞和組織）】

文章簡介：華南理工大學(xué)施雪濤教授團(tuán)隊(duì)在期刊“Advance Science”發(fā)表“ Reconstructing the Stem Leydig Cell Niche via the Testicular Extracellular Matrix for the Treatment of Testicular Leydig Cell Dysfunction ”的文章。文中作者使用一種可塑性、溫敏性和可注射性的睪丸脫細(xì)胞外基質(zhì)水凝膠 (TdEC)，聯(lián)合睪丸間質(zhì)干細(xì)胞 (SLC) ，開發(fā)了TdECM-SLC的組織工程治療體系，治療睪酮缺乏綜合征。通過原位注射TdECM-SLC，顯著提升了睪酮缺乏癥個(gè)體的血清睪酮水平，流式細(xì)胞術(shù)、免疫熒光、RNA-seq、LC-MS/MS等實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明。TdECM在睪丸間質(zhì)內(nèi)重塑移植SLC生態(tài)位, 促進(jìn)其增殖和分化，改善衰老睪丸的免疫微環(huán)境，為臨床的睪酮缺乏癥的治療提供了一種前瞻性的方案。

Doi: 10.1002/advs.202402442

案例7

高尿酸血癥中腸道菌群失調(diào)通過激活NLRP3炎癥小體促進(jìn)腎損傷

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：炎癥小體；纖維化；腸道菌群；代謝重編程；）

期刊：Microbiome (IF: 14.65; Q1).2024 Jun

【拜譜生物提供技術(shù)：代謝組學(xué)·醫(yī)學(xué)全靶代謝組學(xué)MT1000（大鼠腎臟組織）】。

文章簡介：南方醫(yī)科大學(xué)趙曉山團(tuán)隊(duì)在“Microbiome”志上發(fā)表題為“Gut microbiota dysbiosis in hyperuricaemia promotes renal injury through the activation of NLRP3 inflammasome”文章。文中表明HUA誘導(dǎo)腸道菌群失調(diào)會(huì)促進(jìn)腎臟損傷的發(fā)展，作者使用醫(yī)學(xué)全靶代謝組學(xué)MT1000分析大鼠腎臟代謝組學(xué)特征，其機(jī)制可能是通過促進(jìn)腸道尿毒癥毒素的產(chǎn)生，進(jìn)而激活 NLRP3 炎癥小體來實(shí)現(xiàn)的。了解這一機(jī)制對于預(yù)防和治療與高尿酸血癥相關(guān)的腎臟疾病具有重要意義。通過針對腸道菌群和 NLRP3 炎癥小體，可以找到一種治療腎臟疾病的潛在治療策略。

Doi: 10.1186/s40168-024-01826-9B1

拜譜導(dǎo)讀鏈接：Microbiome（IF=13.8）｜多組學(xué)技術(shù)揭示高尿酸血癥引起的腸道菌群失調(diào)在腎損傷中的作用和潛在機(jī)制

案例8

支鏈氨基酸通過抑制蛋雞新生脂肪生成和激活脂肪酸β-氧化來緩解NAFLD

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：泛素化；自噬；脂代謝；）

期刊：Redox Biol (IF: 11.8; Q1).2024 Nov

【拜譜生物提供技術(shù)：蛋白組學(xué)&泛素化蛋白修飾組學(xué)（雞肝臟）】。

文章簡介：浙江大學(xué)鄒曉庭教授團(tuán)隊(duì)在期刊“Redox Biology”上，發(fā)表題為“Branched-chain amino acids alleviate NAFLD via inhibiting de novo lipogenesis and activating fatty acid β-oxidation in laying hens”的文章。文中作者展示了飲食中補(bǔ)充67%高支鏈氨基酸對產(chǎn)蛋雞NAFLD有獨(dú)特的緩解影響。蛋白質(zhì)免疫印跡、免疫熒光、靶向/非靶代謝、泛素化蛋白修飾組學(xué)分析結(jié)果表明，高支鏈氨基酸強(qiáng)烈激活泛素-蛋白酶自噬，通過下調(diào)UFMylation來觸發(fā)MAPK9介導(dǎo)的DNL、脂肪酸延伸和脂滴形成相關(guān)蛋白的泛素化降解，激活PPAR-RXR和脂滴自噬介導(dǎo)的脂肪酸β-氧化和脂肪分解。通過抑制AHR/MAPK9來適度攝入高支鏈氨基酸，這是NAFLD（非酒精性脂肪肝?。┖虵LHS（脂肪肝出血綜合癥）治療中一個(gè)有前景的新策略。

Doi: 10.1016/j.redox.2024.103385

案例9

SIRT1通過GOT1調(diào)節(jié)成骨細(xì)胞糖酵解來維持骨穩(wěn)態(tài)

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：糖酵解；轉(zhuǎn)錄調(diào)控；代謝重編程；）

期刊：Cell Mol Life Sci (IF: 9.26; Q1). 2024 May

【拜譜生物提供技術(shù)：修飾蛋白組學(xué)·乙酰化蛋白修飾組學(xué)&代謝組學(xué)·能量代謝（小鼠四肢骨組織/小鼠顱骨）】

文章簡介：西安交通大學(xué)孫宏志教授團(tuán)隊(duì)在期刊“Cellular and Molecular Life Sciences”發(fā)表“SIRT1 maintains bone homeostasis by regulating osteoblast glycolysis through GOT1”的文章。文中作者發(fā)現(xiàn)成骨細(xì)胞特異性SIRT1條件敲除（cKO）小鼠模型，表現(xiàn)出較低的骨小梁和皮質(zhì)骨量伴隨著較低的骨形成和骨吸收。綜合非靶代謝-能量代謝和乙?；鞍仔揎椊M學(xué)分析以及免疫沉淀、基因敲除和位點(diǎn)突變實(shí)驗(yàn)表明，SIRT1缺失通過直接結(jié)合并增加谷氨酰胺草酰乙酸轉(zhuǎn)氨酶1（GOT1）的乙?；絹硪种铺墙徒狻IRT1通過其對GOT1的脫乙酰酶活性在調(diào)節(jié)成骨細(xì)胞代謝以維持骨穩(wěn)態(tài)方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用，為骨相關(guān)疾病治療提供了新的潛在靶點(diǎn)。

Doi: 10.1007/s00018-023-05043-9

農(nóng)學(xué)領(lǐng)域突破

案例10

蛋白激酶VIK介導(dǎo)生長素信號調(diào)控?cái)M南芥?zhèn)雀l(fā)育的分子機(jī)制

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：泛素化；磷酸化；干細(xì)胞；）

期刊：Adv Sci (IF: 15.66; Q1).2024 Sep

【拜譜生物提供技術(shù)：修飾蛋白組學(xué)·磷酸化修飾組學(xué)（擬南芥幼苗）】

文章簡介：山東大學(xué)丁兆軍教授團(tuán)隊(duì)在期刊“Advanced Science”上發(fā)表了題為“VIK-mediated Auxin Signaling Regulates Lateral Root Development in Arabidopsis”的研究論文，文中作者通過生長素處理擬南芥幼苗的側(cè)根篩選到快速響應(yīng)生長素的蛋白激酶VIK。研究采用磷酸化修飾組學(xué)、LC-MS/MS質(zhì)譜分析、CO-IP、酵母雙雜和熒光素酶互補(bǔ)成像等技術(shù)，發(fā)現(xiàn)VIK調(diào)控側(cè)根發(fā)生，進(jìn)而構(gòu)建了VIK-LBD18/ERF13蛋白質(zhì)磷酸化修飾模塊，闡明正向調(diào)控側(cè)根發(fā)育。本研究闡明了VIK介導(dǎo)的生長素信號在側(cè)根形成中的分子機(jī)制，以及生長素通過關(guān)鍵激酶調(diào)控蛋白磷酸化修飾以實(shí)現(xiàn)其信號傳遞的機(jī)制。

Doi:10.1002/advs.202402442

拜譜導(dǎo)讀鏈接：項(xiàng)目文章Advanced Science（ IF=14.3）｜磷酸化修飾組學(xué)揭秘植物側(cè)根發(fā)育的關(guān)鍵奧秘

案例11

CPK27聯(lián)合HY5和PIF4調(diào)控油菜素內(nèi)酯介導(dǎo)的番茄光溫形態(tài)建成

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：磷酸化；轉(zhuǎn)錄調(diào)控；蛋白激酶；）

期刊：PNAS (IF: 11.21; Q1) 2024 Sep

【拜譜生物提供技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)·RNA-seq（番茄）】。

文章簡介：浙江大學(xué)周艷虹、喻景權(quán)共同通訊在期刊“PNAS”在線發(fā)表題為“SlCPK27 cross-links SlHY5 and SlPIF4 in brassinosteroid-dependent photo- and thermo-morphogenesis in tomato”的研究論文。研究發(fā)現(xiàn)，激活的番茄HY5（SlHY5）會(huì)觸發(fā)一個(gè)鈣依賴蛋白激酶SlCPK27的轉(zhuǎn)錄。轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果表明SlCPK27與SlPIF4相互作用，并在Ser-252和Ser-308磷酸化位點(diǎn)上對其進(jìn)行磷酸化，以促進(jìn)其降解。SlPIF4主要通過激活油菜素內(nèi)酯（BR）生物合成中的一個(gè)關(guān)鍵基因SlDWF的轉(zhuǎn)錄來促進(jìn)下胚軸的伸長。這種SlHY5-SlCPK27-SlPIF4-BR級聯(lián)反應(yīng)不僅在光形態(tài)建成中起著至關(guān)重要的作用，還調(diào)節(jié)熱形態(tài)建成。文中作者揭示“HY5-CPK27-PIF4”模塊在光溫形態(tài)建成中的作用機(jī)制通過影響油菜素內(nèi)酯（Brassinosteroid, BR）合成來響應(yīng)環(huán)境光和溫度的變化，從而調(diào)控植物生長影響番茄形態(tài)建成，闡明了光信號與Ca2+信號在番茄幼苗光溫信號響應(yīng)中的協(xié)同作用。

Doi: 10.1073/pnas.2403040121

拜譜導(dǎo)讀鏈接：項(xiàng)目文章（PNAS IF=10.8）｜SlCPK27介導(dǎo)的光和溫度信號在番茄光溫形態(tài)建成中的調(diào)控作用

案例12

粉化牡蠣殼在高銨條件下提高萊茵衣藻的生物量生產(chǎn)和收獲效率

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：生物絮凝劑；培養(yǎng)基酸化；微生物群落）

期刊：Bioresour Technol (IF: 9.64; Q1).2024 Jul

【拜譜生物提供技術(shù)：代謝組學(xué)·非靶代謝（藻類）】

文章簡介：中國海洋大學(xué)吳浩浩教授團(tuán)隊(duì)在期刊“Bioresource Technology”上發(fā)表了題為“Enhanced biomass production and harvesting efficiency of Chlamydomonas reinhardtii under high-ammonium conditions by powdered oyster shell”，文中作者利用粉末狀牡蠣殼作為石灰劑、補(bǔ)充碳源和生物絮凝劑，在富含NH4+的環(huán)境中提高生物質(zhì)生產(chǎn)和微藻收獲。萊茵衣藻更喜歡銨（NH4+）作為氮源，但由于介質(zhì)酸化，其在高NH4+濃度（0.5～1 g/L）下的后期生長受到阻礙。在本研究中，通過ICP-MS分析測定微量元素含量、使用Zetasizer Nano ZS儀器測量微藻細(xì)胞的ζ電位，結(jié)果表明在1L氣泡柱生物反應(yīng)器的TAP培養(yǎng)基中，牡蠣殼粉可以提高C.reinhardtii對0.7 g/L NH4+補(bǔ)充的耐受性，從而使生物量增加22.9%，不飽和脂肪酸積累增加62.1%，收獲效率提高19.2%。粉末牡蠣架緩解了培養(yǎng)基酸化（pH 7.2–7.8），并提供了高達(dá)8.02×103μmol/L的溶解無機(jī)碳，促進(jìn)了76.3%的NH4+消耗，高達(dá)189 mg/L的Ca2+釋放，ζ電位降低42.1%，微藻細(xì)胞的絮凝活性提高27.7%。本研究強(qiáng)調(diào)了一種很有前途的方法，即利用粉末狀牡蠣殼作為石灰劑、補(bǔ)充碳源和生物絮凝劑，在富含NH4+的環(huán)境中提高生物質(zhì)生產(chǎn)和微藻收獲。

Doi: 10.1016/j.biortech.2024.130904

案例13

代謝組學(xué)結(jié)合生理學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示了黑皮氏參菌在亞培養(yǎng)過程中對關(guān)鍵代謝途徑的響應(yīng)及其降解機(jī)制

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：糖代謝；基因調(diào)控；代謝重編程；）

期刊：Antioxidants (Basel) (IF: 5.3; Q1). 2024 Jun

【拜譜生物提供技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)·RNA-seq&代謝組學(xué)·非靶代謝多組學(xué)蝙蝠蛾擬青霉菌（絲狀真菌）】。

文章簡介：揚(yáng)州大學(xué)劉瑞教授團(tuán)隊(duì)，在期刊“Food Chemistry”上發(fā)表文章“Metabolomics Combined with Physiology and Transcriptomics Reveal the Response of Samsoniella hepiali to Key Metabolic Pathways and Its Degradation Mechanism during Subculture”。在絲狀真菌的次培養(yǎng)過程中，會(huì)出現(xiàn)明顯的降解跡象，這會(huì)影響菌株的生長和發(fā)育，改變代謝物含量，并干擾基因表達(dá)，然而絲狀真菌降解的具體分子機(jī)制尚不清楚。本研究以一種絲狀真菌Samsoniella hepiali為研究對象，并持續(xù)進(jìn)行傳代培養(yǎng)。結(jié)果表明，當(dāng)菌株傳代培養(yǎng)到到了F8代，菌株開始出現(xiàn)降解的跡象，表現(xiàn)為影響改變表觀形態(tài)，降低生長速度和產(chǎn)孢量，破壞抗氧化劑系統(tǒng)。進(jìn)一步進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)分析，結(jié)果顯示差異表達(dá)基因（DEGs）和差異積累代謝物（DAMs）主要富集于四種代謝途徑：ABC轉(zhuǎn)運(yùn)體；脂肪酸降解；丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代謝以及嘌呤代謝等許多在不同途徑中顯著富集的代謝物可能主要由蛋白質(zhì)和酶的基因調(diào)節(jié)，例如Abcd3、Ass1和Pgm1。而在傳代過程中，許多可誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和衰老的基因和代謝物不斷積累，導(dǎo)致細(xì)胞受損并消耗大量能量，最終導(dǎo)致菌絲的抑制增長。綜上所述，文中作者轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)分析絲狀真菌降解機(jī)制，發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)和酶的基因調(diào)控可能影響代謝物積累，而細(xì)胞凋亡和衰老相關(guān)基因和代謝物的積累導(dǎo)致細(xì)胞損傷和能量消耗，最終抑制菌絲生長。研究結(jié)果揭示了菌株降解的可能原因和關(guān)鍵代謝途徑的響應(yīng)。

Doi: 10.3390/antiox13070780

案例14

一種新的干腌火腿湯衍生肽—JHBp2在體外有效抑制鼠傷寒沙門氏菌：綜合代謝組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和分子模擬分析

（國自然熱點(diǎn)關(guān)鍵詞導(dǎo)讀：糖酵解；糖代謝；出核入核機(jī)制；）

期刊：J. Agric. Food Chem (IF: 5.28; Q1). 2024 Jun

【拜譜生物提供技術(shù)：非靶代謝&蛋白組學(xué)（沙門氏菌）】

文章簡介：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)張萬剛教授在期刊“Journal of Agricultural and Food Chemistry”上發(fā)表了題為“A novel dry-cured ham broth-derived peptide JHBp2 effectively inhibits Salmonella typhimurium in vitro : Integrated metabolomic, proteomic and molecular simulation analyses”的文章。JHBp2是從金華火腿湯中純化的一種肽，對鼠傷寒沙門氏菌具有抗菌活性。使用非靶向代謝組學(xué)和無標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析JHBp2處理后鼠傷寒沙門氏菌的代謝和蛋白質(zhì)表達(dá)變化。細(xì)胞壁和膜損傷結(jié)果表明JHBp2具有破壞膜的特性，導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)核酸和蛋白質(zhì)的泄漏。代謝組學(xué)揭示516種差異表達(dá)代謝產(chǎn)物，涉及輔因子生物合成、嘌呤代謝、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、谷胱甘肽代謝、嘧啶代謝等。蛋白質(zhì)組學(xué)檢測735種差異表達(dá)蛋白，涉及丙酮酸代謝、氨基酸生物合成、嘌呤代謝、碳代謝、糖酵解/糖異生等。RT-qPCR和蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果顯示正相關(guān)，分子對接顯示JHBp2與一些差異表達(dá)蛋白穩(wěn)定結(jié)合?？傊?，JHBp2可以破壞鼠傷寒沙門氏菌的細(xì)胞壁和膜結(jié)構(gòu)，干擾膜相關(guān)蛋白的合成，引發(fā)細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)泄漏，并降低參與能量代謝、氨基酸合成代謝和核苷酸合成代謝的酶和代謝產(chǎn)物的水平。

Doi: 10.1021/acs.jafc.4c01531

拜譜導(dǎo)讀鏈接：項(xiàng)目文章（J. Agric. Food Chem.）｜探究S-亞硝基化對Caspase-3修飾和肌纖維蛋白降解的影響

拜譜小結(jié)

2024年，拜譜生物與合作伙伴共同書寫了科研服務(wù)的新篇章。研究成果覆蓋醫(yī)學(xué)和農(nóng)學(xué)兩大領(lǐng)域，涉及多種物種和樣本類型，展現(xiàn)了公司在多組學(xué)技術(shù)領(lǐng)域的深厚實(shí)力和廣泛應(yīng)用前景。拜譜生物依托強(qiáng)大的技術(shù)平臺，利用質(zhì)譜技術(shù)、蛋白質(zhì)組、代謝組、基因組、大數(shù)據(jù)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)、藥學(xué)等多學(xué)科和生命科學(xué)的交叉融合、技術(shù)創(chuàng)新，為客戶提供從樣本處理到數(shù)據(jù)分析的一站式服務(wù)。我們的專業(yè)團(tuán)隊(duì)確保了數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性，助力科研成果的快速轉(zhuǎn)化。我們期待在未來的日子里，繼續(xù)為客戶提供高質(zhì)量的服務(wù)，推動(dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，助力科學(xué)家深入探索生命科學(xué)的奧秘，造福人類健康。

感謝所有合作伙伴的信任和支持。