微生物是自然界中分布最廣、種類最多、數(shù)量最大的生物類群。以腸道微生物為例，人體內(nèi)微生物的總數(shù)約是人體細(xì)胞總數(shù)的10倍——越來越多的研究發(fā)現(xiàn)，腸道微生物與人體健康有著密切的關(guān)系，而微生物產(chǎn)生的代謝物是這調(diào)控過程中最主要的中間遞質(zhì)之一。微生物組研究可以獲得微生物群落組成及豐度信息，但是這些信息并不足以充分說明微生物是通過何種方式影響宿主或環(huán)境。微生物組-代謝組的聯(lián)合分析可以用來解釋差異菌群與差異代謝物的關(guān)聯(lián)性，從而幫助建立微生物-代謝物-表型之間的邏輯關(guān)系。