福爾馬林固定和石蠟包埋(formalin-fixed and paraffin-embedded, FFPE)是臨床組織保存的主要形式。據(jù)估計,全球有超過10億個組織樣本被保存在醫(yī)院和生物樣本庫中,而其中大多數(shù)都是以FFPE形式儲存的。對于某些類型的腫瘤組織,FFPE樣品通常是唯一來源,這些樣本可以為研究人員提供有關某些最罕見的癌癥和其他疾病的重要信息。近年來,隨著脫蠟技術的成熟和質譜儀器的發(fā)展,FFPE樣本的科研價值得到充分開發(fā),結合蛋白質組學技術的高分文獻發(fā)表數(shù)量急速上漲。
超高深度FFPE蛋白質組研究的主要步驟包括:FFPE切片脫蠟復水、蛋白質提取、肽段酶解、LC-MS/MS分析、數(shù)據(jù)庫檢索、數(shù)據(jù)分析和生信分析等。
拜譜生物的項目實測數(shù)據(jù)表明,大隊列樣本均穩(wěn)定在8000以上的蛋白鑒定數(shù)量。
樣本類型 | 石蠟切片F(xiàn)FPE樣本 | |
預處理和保存 | 10μm厚,1cm2大小,4℃保存 | |
相對定量蛋白組學 |
常規(guī)送樣量 |
風險送樣量 |
Label free |
5片 |
4片 |
DIA | 5片 | 4片 |
PRM | 5片 | 4片 |