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硬核研發(fā)—拜譜獨(dú)家組學(xué)技術(shù)“棕櫚?;揎椀鞍捉M”

發(fā)布時(shí)間:2024-09-10

什么是棕櫚?;揎椀鞍捉M?

蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ),蛋白質(zhì)要經(jīng)過(guò)基因轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后加工、翻譯、翻譯后加工及轉(zhuǎn)運(yùn)等多個(gè)復(fù)雜過(guò)程后才具有生理功能。蛋白質(zhì)的翻譯后加工修飾形式包括磷酸化、糖基化、甲基化、羥基化、泛素化及脂質(zhì)化等,其中脂質(zhì)化修飾是一種重要的翻譯后加工修飾形式,而N-豆蔻?;妥貦磅;侵匾闹|(zhì)化修飾形式。

蛋白質(zhì)棕櫚?;揎椧话惆l(fā)生在半胱氨酸殘基上,依據(jù)其連接方式可以分為S-棕櫚?;?、N-棕櫚?;蚈-棕櫚?;-棕櫚?;亲貦磅;c甘氨酸/半胱氨酸(Gly/Cys)殘基通過(guò)酰胺鍵連接,因酰胺鍵較穩(wěn)定,因此不可逆;O-棕櫚?;亲貦磅;ㄟ^(guò)酯鍵與絲氨酸殘基相連;S-棕櫚?;侵负?6 個(gè)碳原子的飽和棕櫚酸和半胱氨酸(Cys)共價(jià)結(jié)合,形成不穩(wěn)定的硫酯鍵,這種棕櫚?;哂锌赡嫘裕稍跁r(shí)間和空間上調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的功能,因此它是最重要的一種棕櫚?;揎椃绞?。

蛋白質(zhì)S-棕櫚?;揎棸▋蓚€(gè)過(guò)程,第一步發(fā)生自?;貦磅oA和棕櫚?;D(zhuǎn)移酶的半胱氨酸通過(guò)硫酯鍵相連,形成?;钢虚g體,并釋放游離的CoA-SH。在沒(méi)有底物時(shí),該中間體會(huì)被緩慢地水解;第二步當(dāng)存在底物時(shí),會(huì)將中間體連接的棕櫚酰基轉(zhuǎn)移至底物半胱氨酸上(見(jiàn)下圖)。

該技術(shù)能觸達(dá)的特定場(chǎng)景有哪些?

1)棕櫚?;揎椬钪匾墓δ?/span>是增強(qiáng)可通行蛋白與膜的親和性,從而調(diào)控蛋白質(zhì)的定位與功能,因而棕櫚?;揎椀鞍捉M學(xué)可用于研究蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)及定位;

2)蛋白質(zhì)棕櫚酰化修飾廣泛存在于神經(jīng)系統(tǒng)中,蛋白質(zhì)棕櫚?;谏窠?jīng)系統(tǒng)的發(fā)生率高于其他組織器官。多數(shù)含有半胱氨酸的神經(jīng)元蛋白易受到棕櫚酸的影響,如神經(jīng)遞質(zhì)受體、突觸支架蛋白和分泌信號(hào)分子等。棕櫚?;鞍踪|(zhì)組學(xué)可用于研究神經(jīng)精神疾病的發(fā)生機(jī)制和發(fā)展機(jī)理;

3)在病毒感染宿主的過(guò)程中,S-棕櫚酰化修飾不僅參與病毒自身的復(fù)制與感染,同時(shí)也參與調(diào)控病毒感染誘導(dǎo)的抗病毒天然免疫信號(hào)通路,因而棕櫚?;鞍踪|(zhì)組學(xué)分析可以研究病毒感染機(jī)制及宿主的抗病毒機(jī)制

4)越來(lái)越多的蛋白可被棕櫚?;揎棧渲卸喾N都與癌癥相關(guān),例如乳腺癌,小細(xì)胞肺癌,黑色素瘤,白血病,宮頸癌和卵巢癌,因而棕櫚酰化蛋白質(zhì)組學(xué)分析可以用于研究癌癥的發(fā)生機(jī)制和癌癥治療靶點(diǎn)

5)鈣依賴性蛋白激酶(CPKs)是與非生物脅迫信號(hào)相關(guān)的鈣敏感激酶,在其N末端的半胱氨酸殘基被S-棕櫚?;芯勘砻髯貦磅;瘜?duì)于調(diào)節(jié)與干旱脅迫相關(guān)的蛋白質(zhì)的活性至關(guān)重要,因而通過(guò)棕櫚?;揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)分析可以研究植物的非生物脅迫應(yīng)答機(jī)制。

基于質(zhì)譜的技術(shù)路線:

技術(shù)難點(diǎn):

1)蛋白水平富集特異性不好,蛋白質(zhì)水平富集的修飾蛋白質(zhì)中仍有大量肽段是非修飾的,蛋白質(zhì)水平的富集是基于蛋白質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu),如果修飾發(fā)生在蛋白質(zhì)構(gòu)象內(nèi)部,會(huì)影響富集效果;

2)柱上酶解效率不高,胰蛋白酶不能有效接觸蛋白質(zhì),降低了酶解效率。

實(shí)際應(yīng)用的文獻(xiàn)參考:

[1] Main A, Fuller W. Protein S‐Palmitoylation: Advances and Challenges in Studying a Therapeutically Important Lipid Modification[J]. The FEBS Journal, 2021.

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[3] Vats G, Grover M, Singh A, Chandra N, Pandey N, Rai A. Role of palmitoylation and nitration in modification of large number of proteins associated with drought stress in plants[J]. Agrica, 2016,5(1): 59-62.

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[5] Singh A, Vats G, Chandra N, Grover M. Sumoylation may play an important role in modification of large number of proteins associated with heat stress in plants[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences India, 2014,84(3): 709-712.

[6] Zareba-Koziol M, Bartkowiak-Kaczmarek A, Figiel I, et al. Stress-induced changes in the S-palmitoylation and S-nitrosylation of synaptic proteins[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2019, 18(10): 1916-1938.

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