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Nat Metab(IF 20.8)|代謝組學(xué)流行病學(xué)為疾病提供病因見解(上)

發(fā)布時間:2024-07-25

代謝組學(xué)流行病學(xué)是在基于人群的流行病學(xué)研究中,研究一組高通量小分子(統(tǒng)稱為人類代謝組)與健康相關(guān)特征之間的關(guān)系。代謝組是1998年創(chuàng)造的一個術(shù)語,是指生物系統(tǒng)合成的全套代謝物,隨著技術(shù)的快速發(fā)展,小分子測量更加高效、準確,并可用于臨床和研究應(yīng)用,此類研究已經(jīng)持續(xù)了20多年。這一新興領(lǐng)域的發(fā)現(xiàn)已經(jīng)為疾病的病因、早期檢測和進展提供了及時的見解,這可以為預(yù)防、篩查和治療策略提供信息。由于代謝物代表了許多生物過程的最終產(chǎn)物,并且對環(huán)境暴露敏感,代謝物水平的變化可以指示疾病早期亞臨床階段的疾病風險,此時預(yù)防仍然是可能的。

Nature Metabolism雜志上刊登的“Metabolomic epidemiology offers insights into disease aetiology”的綜述,討論了代謝組學(xué)流行病學(xué)領(lǐng)域在一系列疾病(包括心臟代謝疾病、癌癥、阿爾茨海默病和COVID-19)中的關(guān)鍵進展,重點是潛在的臨床應(yīng)用。此外,還總結(jié)了代謝組學(xué)流行病學(xué)研究結(jié)果臨床轉(zhuǎn)化的未來方向,強調(diào)了公共衛(wèi)生意義。未來需要進一步的工作來確定哪些代謝物可以改善不同人群的臨床風險預(yù)測,以及與疾病進展的因果關(guān)系。


圖1. 代謝組學(xué)流行病學(xué)研究進展及應(yīng)用綜述

(圖源:Fuller et al., Nat Metab, 2023)



研究設(shè)計

研究設(shè)計直接影響研究范圍和研究結(jié)果的解釋(圖1)。由于代謝物對疾病發(fā)病、混雜因素或效應(yīng)介質(zhì)(如年齡、人口、體重指數(shù)(BMI)和禁食狀態(tài))以及與樣本收集和處理相關(guān)的技術(shù)因素(如樣本處理、批量和隨機漂移)的敏感性,這在代謝組學(xué)流行病學(xué)中尤為重要。最常見的研究設(shè)計是病例對照研究。此外,橫斷面研究也是常用的一種,這種研究中生物標本收集和結(jié)果確定同時發(fā)生在單個時間點??v向重復(fù)取樣能夠調(diào)查可能與疾病風險或其他不相關(guān)變異來源相關(guān)的代謝物軌跡,最終提供更穩(wěn)定的關(guān)聯(lián)估計。

另一個重要的研究設(shè)計考慮因素包括代謝組學(xué)技術(shù)的選擇,如核磁共振(NMR)和質(zhì)譜(MS),因為代謝物的測量因方法因平臺而異。這些方法包括描述選定代謝物的靶向方法和描述特定平臺范圍內(nèi)所有可測量代謝物的非靶向方法。雖然一部分代謝物峰的身份可能是已知的,但大多數(shù)峰是未知的,因此需要在代謝物峰識別方面做出極大努力。

鑒于測量技術(shù)的多樣性、影響代謝物測量的因素、質(zhì)量控制程序和研究設(shè)計,代謝組學(xué)流行病學(xué)研究結(jié)果的復(fù)制尤其具有挑戰(zhàn)性。因此,在調(diào)查的研究設(shè)計階段,應(yīng)仔細考慮重復(fù)研究結(jié)果、評估不同人群的普遍性和三角測量證據(jù)(“三角測量和驗證”)的策略。



代謝組學(xué)流行病學(xué)和疾病病原學(xué)


在這里,主要討論代謝組學(xué)流行病學(xué)發(fā)現(xiàn)及其臨床和轉(zhuǎn)化意義,特別強調(diào)非靶向研究。我們重點關(guān)注代謝組學(xué)流行病學(xué)中更常見的特征(圖2)和/或迄今為止在研究中產(chǎn)生一致的發(fā)現(xiàn)(圖3),同時也簡要討論了尚未廣泛研究的新興特征。


圖2. 多年來代謝組學(xué)出版物中與健康相關(guān)的常見研究特征的數(shù)量

(圖源:Fuller et al., Nat Metab, 2023)


1.肥胖

肥胖增加了許多健康狀況的風險,包括糖尿病、心血管疾病(CVD)和許多癌癥,但將肥胖與不良健康結(jié)果聯(lián)系起來的機制尚不完全清楚。代謝組學(xué)已被用于預(yù)測肥胖和BMI,提高我們對肥胖增加導(dǎo)致的代謝失調(diào)的理解,并預(yù)測肥胖治療的成功性。

肥胖增加引起的代謝紊亂是全體性的、廣泛的,包括葡萄糖、脂質(zhì)代謝的變化和低度慢性炎癥,與支鏈氨基酸(BCAAs)密切相關(guān)。一項非靶向研究發(fā)現(xiàn),近三分之一的代謝組與BMI有關(guān),尤其是脂質(zhì)、氨基酸和肽。這些代謝物中的許多也與胰島素抵抗增加有關(guān)(包括酪氨酸、丙氨酸、肌氨酸、γ-谷氨酰基酪氨酸、磷脂和葡萄糖),因此,可以介導(dǎo)肥胖與代謝健康狀況之間的聯(lián)系。然而,BMI不足以預(yù)測肥胖及其健康并發(fā)癥,而代謝組學(xué)提供了改進這種預(yù)測的機會。

建立肥胖的代謝譜可以更好地為肥胖的臨床管理提供信息。代謝組學(xué)流行病學(xué)研究發(fā)現(xiàn),血漿類固醇硫酸鹽和氨基酸是無胰島素抵抗的肥胖個體內(nèi)臟和皮下脂肪的特征。未來的前瞻性研究可能會調(diào)查這些代謝物是否對胰島素抵抗或前驅(qū)癥狀的標志物有保護作用,并提供干預(yù)靶點。


2. 心血管疾病(CVD)

CVD是高度異質(zhì)性的,包括一系列與動脈粥樣硬化、促炎和血栓形成機制相關(guān)的疾病。

自20世紀初以來,CVD的代謝失調(diào)就已被觀察到,當時膽固醇被認為是動脈粥樣硬化的一個驅(qū)動因素,這刺激了數(shù)十年的研究,將膽固醇確定為CVD的一個原因。針對膽固醇代謝的治療是動脈粥樣硬化的一線治療方法,已經(jīng)大大降低了動脈粥樣硬化的死亡率,證明代謝方法在研究和治療復(fù)雜疾病中的價值。

早期對CVD相關(guān)代謝組學(xué)改變特征的研究報道了炎癥性脂質(zhì)的增加,包括肉毒堿、磷脂酰膽堿(PCs)、脂肪酸和氨基酸等。一項早期樣本有限的非靶向代謝組學(xué)研究發(fā)現(xiàn),由膳食膽堿和肉堿產(chǎn)生的下游微生物代謝物三甲胺n -氧化物(TMAO)與心血管疾病風險呈正相關(guān),這在更大規(guī)模的研究中得到了驗證。目前尚不清楚TMAO是否與CVD有因果關(guān)系,但功能研究提供的體內(nèi)證據(jù)表明,TMAO可能通過抑制巨噬細胞中逆向膽固醇轉(zhuǎn)運來加速動脈粥樣硬化的進展。類似地,多個大型代謝組學(xué)研究證實BCAAs和CVD之間的正相關(guān)性。另外一項大型非靶代謝組學(xué)確定核苷代謝物和類固醇激素等與CVD結(jié)果相關(guān)。

CVD具有許多共享的代謝途徑(特別是有機酸)。例如,血漿中有機酸二甲基胍苷酸(DMGV)水平與冠心病和T2D的發(fā)生呈正相關(guān),與健康飲食因素和運動呈負相關(guān),后者得到了隨后的體內(nèi)研究的支持。隨后,另一項研究證實DMGV與缺血性腦卒中的發(fā)生呈正相關(guān),部分由糖尿病(13.0%)和高血壓(13.2%)介導(dǎo)??偟膩碚f,這些研究表明DMGV和CVD結(jié)果之間的關(guān)聯(lián)可能捕獲了一種共享的疾病途徑。


3. 2型糖尿?。═2D)

T2D是一種越來越普遍的代謝疾病,與視網(wǎng)膜病變、心血管疾病和腎臟疾病等并發(fā)癥相關(guān)。與T2D相關(guān)的最重要代謝物之一是支鏈氨基酸,在大型代謝組學(xué)研究中一致發(fā)現(xiàn)其與T2D呈正相關(guān)。通過將代謝物與傳統(tǒng)的T2D危險因素(如性別、年齡、父母T2D病史、空腹血糖、BMI、高密度脂蛋白、甘油三酯和血壓)結(jié)合起來,T2D風險預(yù)測模型得到了改進。例如,在傳統(tǒng)的T2D危險因素中加入19種富含氮代謝的代謝物顯著提高了T2D風險的判別能力,較高的遺傳預(yù)測甘氨酸水平與T2D風險降低11%相關(guān),較低的遺傳預(yù)測苯丙氨酸水平與T2D風險增加60%相關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)表明氮代謝途徑與T2D之間存在潛在的因果關(guān)系,為疾病發(fā)病提供了機制見解。

代謝物也被用于研究從糖尿病前期(即高于正常糖耐量但低于T2D閾值的狀態(tài))到T2D和T2D相關(guān)并發(fā)癥的進展。例如,糖尿病前期患者的丙氨酸、谷氨酸和棕櫚酸含量高于T2D患者。此外,在傳統(tǒng)的危險因子中加入13種代謝物,改善了從糖尿病前期到T2D進展的預(yù)測。血清環(huán)己胺、1,2-二硬脂酰甘油-3-磷酸膽堿、哌啶、n -乙酰神經(jīng)氨酸和硬脂酰乙醇胺水平與T2D并發(fā)癥(包括視網(wǎng)膜病變和腎臟疾病)呈正相關(guān)。需要進一步的研究來發(fā)現(xiàn)并確定其臨床意義。


4. 傳染病: COVID-19

由SARS-CoV-2引起的COVID-19已經(jīng)形成了3年多的全球大流行。COVID-19對公共衛(wèi)生的破壞性影響需要進行廣泛的研究,以減輕和預(yù)防感染。非靶向血漿代謝組學(xué)在提出關(guān)于COVID-19病毒病理生理學(xué)代謝基礎(chǔ)的假設(shè)以及確定感染和嚴重程度生物標志物方面發(fā)揮了不可或缺的作用。

瓜氨酸、組氨酸、脯氨酸和色氨酸一直與COVID-19嚴重程度呈負相關(guān)。同時,色氨酸代謝的犬尿氨酸途徑代謝物與COVID-19嚴重程度呈正相關(guān),可能反映了COVID-19炎癥增加。肌酐也與COVID-19嚴重程度呈正相關(guān),可能反映與腎功能障礙相關(guān)的代謝途徑,腎功能障礙可能是嚴重COVID-19的治療靶點。據(jù)報道,胞嘧啶和尿嘧啶分別與COVID-19嚴重程度呈正相關(guān)和負相關(guān)性,這被認為反映了病毒的復(fù)制,因為SARS-CoV-2具有低水平的胞嘧啶,這可能在SARS-CoV-2病理中起關(guān)鍵作用。因此,胞嘧啶和尿嘧啶可能是降低COVID-19嚴重程度的可靶向途徑。

膽汁酸和PC/鞘磷脂(SMs)分別與COVID-19嚴重程度呈正相關(guān)和負相關(guān)。膽汁酸升高可能反映代謝和/或肝功能障礙,使個體易患嚴重的COVID-19。然而,PCs和SMs的減少可能與病理生理有關(guān),因為它們都是細胞膜的組成部分,而神經(jīng)酰胺筏是SARS-CoV-2與ACE2受體結(jié)合所必需的。因此,減少PC和SMs轉(zhuǎn)化為神經(jīng)酰胺用于ACE2呈遞可能是減少SARS-CoV-2感染的可靶向途徑。

非靶向代謝組學(xué)研究為與COVID-19嚴重程度相關(guān)的靶向途徑和潛在生物標志物提供了有價值的證據(jù),并可作為未來傳染病暴發(fā)的模型。有必要進行更多的非靶向研究,以確定更多的COVID-19生物標志物,并減輕病毒大流行對醫(yī)療保健系統(tǒng)的負擔。


5.癌癥

代謝改變通常是癌癥的標志。Warburg效應(yīng)是一種眾所周知的葡萄糖代謝變化,即使在氧氣存在的情況下,腫瘤也通過糖酵解而不是三羧酸循環(huán)來分解葡萄糖。這導(dǎo)致乳酸水平升高,這是腫瘤和循環(huán)組織中癌癥的代謝標志物,在三羧酸循環(huán)中作為中間燃料來源。新出現(xiàn)的研究表明,即使在相同營養(yǎng)條件下培養(yǎng)的細胞之間,癌細胞代謝的變化也是高度異質(zhì)性的。脂質(zhì)代謝的改變也與癌癥病因有關(guān)。腫瘤微環(huán)境中的缺氧增加了細胞中的脂質(zhì),促進了有氧代謝向無氧代謝的轉(zhuǎn)變。代謝組學(xué)流行病學(xué)可能反映這些過程,并為癌癥的發(fā)展和治療提供見解。

非靶向循環(huán)前瞻性代謝組學(xué)研究已經(jīng)確定了有希望的癌癥風險生物標志物。一項研究發(fā)現(xiàn)膽堿與前列腺癌(PCa)特異性死亡率呈正相關(guān),這與靶向代謝物和飲食研究一致。腸道細菌產(chǎn)生的膽堿和膽堿衍生物TMAO也與總體和侵襲性PCa和結(jié)直腸癌(CRC)的風險呈正相關(guān),而膽堿衍生物PC和lyso-PC與總體和侵襲性PCa、CRC、乳腺癌(BCa)和一般癌癥的風險呈負相關(guān)。膽堿對脂質(zhì)代謝至關(guān)重要,個人必需膽堿的一部分由肝臟產(chǎn)生,其余部分從飲食中獲得,這意味著這是一個部分可改變的風險因素。然而,對中國人群的調(diào)查報告顯示,膽堿攝入量與CRC、BCa、鼻咽癌和一般癌癥的風險呈負相關(guān)。雖然這些差異的原因尚不確定,但飲食膽堿來源或新陳代謝的人群差異可能是影響因素。這些差異的發(fā)現(xiàn)突出了在全球不同人群中進行代謝組學(xué)流行病學(xué)研究的重要性。


拜譜小結(jié)

本期介紹了代謝組學(xué)流行病學(xué)領(lǐng)域在一系列疾病(包括肥胖、心血管疾病、糖尿病、癌癥和COVID-19)中的關(guān)鍵進展,下一期將繼續(xù)介紹代謝組學(xué)流行病學(xué)在阿爾茨海默病、炎癥性腸病、慢性腎病、妊娠糖尿病、心理疾病等領(lǐng)域的進展,并進一步介紹代謝組學(xué)流行病學(xué)潛在的臨床應(yīng)用。敬請期待!

多組學(xué)在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用極大地促進了精準醫(yī)療的進展,基于代謝物水平的差異在篩查、診斷、疾病分型及預(yù)后方面均展示出應(yīng)用前景。代謝組學(xué)與基因組、蛋白組、微生物組等的聯(lián)合分析也是未來研究的趨勢,多組學(xué)的結(jié)合在闡明代謝機制和推進精準醫(yī)學(xué)方面具有強大的潛力。拜譜生物作為一家多組學(xué)技術(shù)領(lǐng)軍企業(yè),可提供成熟完善的代謝組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、修飾組學(xué)等多組學(xué)產(chǎn)品技術(shù)服務(wù),助力高分文章發(fā)表,歡迎咨詢!



參考文獻:Fuller H, Zhu Y, Nicholas J, Chatelaine HA, Drzymalla EM, Sarvestani AK, Julián-Serrano S, Tahir UA, Sinnott-Armstrong N, Raffield LM, Rahnavard A, Hua X, Shutta KH, Darst BF. Metabolomic epidemiology offers insights into disease aetiology. Nat Metab. 2023; 5(10):1656-1672.